グループ内の特許移転で「実費OK」は誤解｜寄附金課税を防ぐ資本関係別の判定ガイド

Q: 商標権をグループ間で移転する場合もルールは同じですか？

はい、基本的には同じルール（グループ法人税制または寄附金課税の枠組み）が適用されます。商標の場合は「商標権の移転・譲渡における『適正価格』と税務リスク判定ガイド」（https://chizai-media.com/trademark-transfer-tax-risk-guide/）をご参照ください。

「親会社から子会社へ特許を移したいが、実費で譲渡してもいいのか」「グループ内の組織再編だから、0円で移転しても問題ないのか」——こうした手続きを進める前に確認してほしいのが、当事者2社間の資本関係です。資本関係によっては実費や0円での譲渡が認められるケースもありますが、条件を満たさないまま譲渡すると税務署に寄附金と認定されるリスクがあります。

特許権などの無形資産は、税務上は「価値ある資産」として扱われます。グループ内の取引であっても、法人格が別であれば原則として第三者間と同じ基準——すなわち「時価」での取引が求められます。ただし、国内の100%完全支配関係にある法人間に限って、税法上の特例により帳簿上の金額（簿価）での移転が認められるケースがあります。

もっとも実務では、特許を簿価で譲渡できるか、それとも時価が必要かは、資本関係の形態（直接保有・間接保有・兄弟会社・海外子会社）によって分かれます。自社のグループ構造がどのパターンに当たるかを正しく把握することが、税務リスクを回避する第一歩です。

本記事では、資本関係パターン別の「譲渡価格は簿価OKか、時価が必須か」の判定基準と、時価評価が必要になった場合の進め方を解説します。

グループ間の特許移転で「簿価」が認められるケース

特許権などの無形資産を法人間で譲渡する場合、税務上の大原則は「第三者と取引するのと同じ適正な時価で行うこと」です。時価よりも安く譲渡した場合、その差額は、特許を渡した会社では「寄附金」、安く受け取った会社では「受贈益」として扱われ、双方で追加の税負担が生じる原因になり得ます。

しかし、国内の100%完全支配関係にあるグループ会社間での移転に限り、「グループ法人税制」という特例により、「会社の帳簿に載っている金額（簿価）」での移転が認められます。なお、ここでいう「簿価」は、登録などにかかった費用（実費）と同じとは限りません。特許権は毎年少しずつ減価償却されるため、取得から年数が経つほど、帳簿上の金額（簿価）は実費より低くなります。

ただし、グループ法人税制で簿価での移転が認められても、取引の片側だけが非課税になる点に注意が必要です。非課税になるのは、特許を受け取った会社に生じる「受贈益」（時価より安く取得したことで生まれる利益）です。一方、特許を渡した会社では、安く譲渡しても、税務上は「時価で売った」ものとして扱われます。そのため、売ったとみなされる金額（時価）が帳簿上の金額（簿価）を上回る分が、利益（譲渡益）として生じます。この譲渡益は、移転する特許の帳簿価額が1,000万円以上であれば、「譲渡損益の繰延」（課税を後の年に先送りできる制度）の対象になり得ます。ただし、自社で出願して取得した特許は帳簿価額が1,000万円に届かないことが多く、その場合は繰延の対象外となり、譲渡益はその年に課税されます。

なお、譲渡価格を簿価にしても、特許を渡した会社の法人税の申告では「時価で売った」ものとして利益を計算するのが原則です。つまり、契約金額が簿価でも、時価と簿価の差額（譲渡益）を所得に加えて申告することになります（法人税法22条2項）。このため、100%グループ内の移転であっても、申告のために適正な時価を把握しておく必要がある場面があります。具体的な申告のしかたは、税理士にご確認ください。

グループ法人税制が使える特許移転の要件（100%完全支配関係）

グループ法人税制による簿価での移転は、譲渡元と譲渡先が「100%の完全支配関係」にある場合に限って認められます。具体的には、次の3つが代表的なパターンです。

直接の100%親子会社： 親会社が子会社の株式を100%保有している場合。この場合、親会社・子会社間での譲渡は簿価で認められます。
間接保有の100%関係（孫会社）： 親会社→子会社→孫会社のように、それぞれ100%出資でつながっている場合。この場合、親会社・子会社・孫会社のいずれの組み合わせ間でも簿価での譲渡が認められます。
100%兄弟会社： 同じ親会社からA社・B社それぞれに100%出資されている場合。この場合、A社・B社間での譲渡も簿価で認められます。

簿価が認められないケース（出資比率99%以下・海外子会社等）

一方で、「グループ会社」と呼んでいても、税務上の100%完全支配関係を満たさない場合は、原則通り「時価」での取引が求められます。

出資比率が100%未満の関連会社： 99%出資であっても、1%の外部資本が入っていればグループ法人税制は適用されません。
海外子会社への移転： たとえ100%の親子関係であっても、海外の法人への移転には「移転価格税制」という別の厳格なルールが適用され、独立した第三者間と同等の価格（独立企業間価格）での取引が求められます。

これらのケースで「グループ内だから」と実費や0円で特許を譲渡してしまうと、国内の関連会社への譲渡では寄附金として、海外子会社への譲渡では移転価格税制に基づき、それぞれ課税されるリスクがあります。

時価評価が必要な場合の進め方

100%完全支配関係になく、時価での譲渡が必要になった場合、どのように特許の「適正価格」を決めればよいのでしょうか。

特許の価値は、その特許が現在事業で使われているか（稼働特許）、使われていないか（休眠特許）によって評価へのアプローチが変わります。

稼働特許であれば、その特許が将来の利益にどれだけ貢献するかを算出する「インカムアプローチ（RFR法など）」を用います。一方、休眠特許（自社で使っておらず売上を生んでいない特許）の場合は、同等の権利を一から取得するためにかかる費用をベースにした「コストアプローチ」で評価するのが実務的です。

【判定表】資本関係パターン別：簿価OK vs 時価必須の一覧

「簿価でいいのか」「時価評価が必要か」は、以下の判定表で自社のパターンを確認するところから始めてください。「出資比率が100%か否か」と「移転先が国内か海外か」によって結論が変わります。

資本関係パターン	簿価移転	適用される税制	主な課税リスク	評価書
国内100%親子会社（直接保有）	✅ 可能^※	グループ法人税制	要件を満たさない場合は寄附金課税	任意
国内100%兄弟会社（同一親会社）	✅ 可能^※	グループ法人税制	同上	任意
国内100%孫会社（間接100%保有）	✅ 可能^※	グループ法人税制	同上	任意
国内関連会社（出資99%以下）	❌ 不可	法人税法（時価原則）	低廉譲渡による寄附金・受贈益課税	推奨
海外100%子会社	❌ 不可	移転価格税制（ALP）	独立企業間価格との差額が日本側（譲渡法人）で課税	推奨（税理士等の税務の専門家による移転価格文書の作成も別途必要）
海外関連会社（100%未満）	❌ 不可	移転価格税制（ALP）	同上・より厳格に適用	推奨（同上）

^※ 簿価で移転できるのは、特許を受け取った会社の受贈益が非課税になるという意味です。特許を渡した会社には時価と簿価の差額（譲渡益）が残り、帳簿価額1,000万円以上なら課税を繰り延べられます（自社で出願した特許は届かないことが多く、その場合はその年に課税。詳しくは本文）。なお「評価書」欄は、申告時に時価の根拠資料が要るかの目安です。

なお、いずれのパターンでも、移転する特許が「出願中（審査待ち）」の段階にある場合は、登録済みの特許とは異なり、まだ登録される保証がない点を価格に織り込む必要があります。具体的には、審査の進み具合（特許庁から拒絶理由通知が出ていないか、似た先行技術がどれだけ近いか）を確認し、登録される可能性が低いほど評価額を低めに見積もります。

よくある質問

Q1. 設立して間もない100%子会社に、親会社が持つ特許を0円で譲渡してもいいですか？

A. グループ法人税制が適用される場合でも、「0円」ではなく会社の帳簿に載っている「簿価」で譲渡処理をするのが基本です。なお、この特例で非課税になるのは特許を受け取った会社の受贈益で、特許を渡した会社には時価と簿価の差額（譲渡益）が残ります（帳簿価額1,000万円以上なら「譲渡損益の繰延」の対象になり得ますが、自社で出願して取得した特許は対象にならないことが多くなります）。もし帳簿価額が0円（すでに全額償却済みなど）であれば結果的に無償譲渡に近い形になりますが、処理の仕方については税理士などの税務の専門家にご確認ください。

Q2. グループ法人税制が使えない場合、評価書は必要ですか？

A. 時価よりも安く譲渡したとみなされると、国内の関連会社への譲渡では寄附金として、海外子会社への譲渡では移転価格税制に基づき、それぞれ課税されるリスクがあります。これを避けるためには、「なぜその価格で譲渡したのか」を客観的に証明する根拠が必要であり、専門家による評価書がその価格の根拠として機能します。

Q3. 商標権をグループ間で移転する場合もルールは同じですか？

A. はい、基本的には同じルール（グループ法人税制または寄附金課税の枠組み）が適用されます。商標の場合は商標権の移転・譲渡における「適正価格」と税務リスク判定ガイドをご参照ください。

まとめ

グループ会社間の特許移転では、「実費でいいか、時価が必要か」は資本関係によって明確に分かれます。国内の100%完全支配関係（直接保有・間接保有・兄弟会社いずれも）であれば、グループ法人税制により帳簿上の金額（簿価）での移転が認められます。ただし、この特例で非課税になるのは特許を受け取った会社の受贈益で、特許を渡した会社には時価と簿価の差額（譲渡益）が残ります（帳簿価額1,000万円以上なら「譲渡損益の繰延」の対象になり得ますが、自社で出願して取得した特許は対象にならないことが多くなります）。逆に、出資比率が1%でも外部に出ている場合や、海外子会社への移転には、この特例は適用されません。

時価での譲渡が必要なケースでは、「なぜその価格か」を第三者が納得できる形で示すことが税務リスクを下げる有効な手段です。現在事業で使用している特許（稼働特許）であればインカムアプローチ、自社で使っておらず売上を生んでいない特許（休眠特許）であればコストアプローチが実務上の選択肢になります。また、出願中の特許を移転する場合は、審査進捗に応じて登録される可能性を価格に反映させる必要がある点も留意が必要です。

グループ間移転の適正価格算定に必要な料率データは、知財ロイヤルティ料率データベースで検索できます。

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※本記事に関する免責事項：本記事は、特許権の移転登録や価値評価に携わる弁理士の立場から、特許の移転・譲渡に伴う税務上のリスクを整理したものです。税務に関する記述は、下記の参考文献等に基づく一般的な情報提供であり、個別の税務判断や税務申告上のアドバイスを行うものではありません。具体的な税務処理については、必ず税理士等の税務の専門家にご相談ください。

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参考文献

井上康一『移転価格税制についての素朴な疑問』（税務研究会出版局、2025年）
※ 完全支配関係にある法人間の低額譲渡における寄附金・受贈益・譲渡損益の取扱い、低額譲渡でも時価相当額を収益に算入すること（P.50〜52）等を参照しています。
田島宏一ほか編著『移転価格税制・海外寄附金のケーススタディ50（第2版）』（中央経済社、2023年）
※ 100%完全支配関係における寄附金・受贈益の取扱い（P.13）、国外関連者への寄附金の全額損金不算入（P.17）等を参照しています。
牧口晴一・齋藤孝一『非公開株式譲渡の法務・税務〔第8版〕』（中央経済社、2023年）
※ 完全支配関係のある法人間における譲渡損益の繰延（P.173）等を参照しています。

この記事を書いた人：弁理士・米田恵太（知育特許事務所）